Este problema, que había sido conciliado en el período de apogeo de la escolástica gracias al desarrollo especulativo de Tomás de Aquino comienza a perder solvencia. Si bien (salvo los averroístas) nadie afirma que razón y fe se contradigan explícitamente de acuerdo a una "doble verdad", se sostiene sí que la razón posee límites y que son más estrechos de lo que se había pensado hasta entonces.
Escoto observará que la demostracion tomista "a posteriori" del efecto a la causa, no es verdaderamente demostrativa y que muchas verdades de fe quedan fuera de su alcance. El número de proposiciones teológicas indemostrables se multiplica considerablemente, desde la existencia misma de Dios hasta los mandamientos de la ley de Dios. La teología deja de ser considerada una verdadera ciencia ya que es incapaz de demostrar su afirmaciones fundamentales, convirtiéndose en un saber "práctico" que conduce al hombre hacia la salvación eterna.
Los campos teológicos y filosóficos se dividen, aunque no implica necesariamente una desvaloración del mundo y la teología sino, por el contrario, se inspira más bien en un profundo respecto por lo religioso que aspira a rescatar lo específico de la fe frente a la contaminación de la filosofía de origen pagano. La teología se alejará del racionalismo y comenzará a buscar su apoyo en la revelación. Los filósofos, por el contrario, se aproximan a nuevos problemas: el estudio de la naturaleza y la ciencia. Comienza a trazarse la revolución intelectual que caracterizará la atomósfera del Renacimiento y la Reforma.